2016年起，在全国全面推开农业“三项补贴”改革(即将农业“三项补贴”合并为农业支持保护补贴，政策目标调整为支持耕地地力保护和粮食适度规模经营。) 80%的农资综合补贴存量资金，加上种粮农民直接补贴和农作物良种补贴资金，将用于耕地地力保护。这部分资金的补贴对象原则上为拥有耕地承包权的种地农民;对已作为畜牧养殖场使用的耕地、林地、成片粮田转为设施农业用地、非农业征(占)用耕地等已改变用途的耕地，以及长年抛荒地、占补平衡中“补”的面积和质量达不到耕种条件的耕地等不再给予补贴。 20%的农资综合补贴存量资金，加上种粮大户补贴试点资金和农业“三项补贴”增量资金，统筹用于支持粮食适度规模经营。这部分补贴资金原则上以2016年的规模为基数，每年从农业支持保护补贴资金中予以安排，支持对象重点向种粮大户、家庭农场、农民合作社和农业社会化服务组织等新型经营主体倾斜，体现“谁多种粮食，就优先支持谁”。 中央财政农业支持保护补贴资金按照耕地面积、粮食产量、适度规模经营发展等因素测算切块到省，由各省结合本地实际确定补贴对象、补贴方式和补贴标准。财政部、农业部要求各地力争于6月30日前将兑现到农民手中的补贴资金发放到位。其中，耕地地力保护补贴将以“一卡通”方式直接兑现到农户。