维护农民土地的合法权益方法如下：

第一，明确农民集体土地所有权的具体归属。

按照物权理论，土地所有权是一种完全的物权，包括占有、使用、收益、处分四个方面的权能，只有真正的权利主体才拥有完整的所有权。我国现行法律规定的农民集体土地所有权，没有明确规定农民集体作为土地所有权主体的构成要素和运行原则，没有明确产权代表和执行主体的界限和地位，没有解决农民集体和农民个人的利益关系，这种农民集体土地所有权并不完整。由于权利界定是土地产权交易的基本前提，也是权利人获得利益的基本前提，只有真正拥有土地所有权及其相应的使用权、处置权，农民才有可能真正拥有土地征用过程中的知情权和参与权，防止随意征地侵权行为的发生，其合法利益才能得到真正保障。因此，必须对农民集体经济组织主体地位进行明确界定，承认农民集体与其他社会法人具有同等的市场主体地位。通过修改相关法律，明确规定农民集体土地是神圣不可侵犯的财产，强化农民对土地的所有权和处置权，从根本上保障农民的土地权益。　

第二，完善土地承包经营权权能。

通过完善土地承包经营权权能，依法保障农民对承包土地的占有、使用、收益等权利。现行土地承包法没有提供以承包权进行抵押的法律基础。允许抵押将能使农民更充分并有保障地享有土地权利，有利于实现农村土地与城市土地享有同等的权利，因此应赋予农民的承包地在承包期内的抵押权。同时，应修改完善《农村土地承包法》，对土地重新调整予以清晰和明确的限制，详细列出哪些是属于可以视为土地调整依据的“特殊情况”；设计和颁发统一的土地承包合同和土地证书，将其纳入《农村土地承包法》的核心条款；出台土地登记监管条例，建立农村土地登记系统；在《农村土地承包经营纠纷仲裁法》即将出台之际，继续完善有关解决土地承包纠纷仲裁的实施细则和规定，着手建立仲裁委员会。2008年2月1日起实施的新《土地登记办法》突出了对城镇和农村土地权利一视同仁的物权保护，明确规定了依法登记的国有土地使用权、集体土地所有权、集体土地使用权和土地抵押权、地役权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。应按照三中全会《决定》和新《土地登记办法》的要求，搞好农村土地确权、登记、颁证工作。

第三，建立健全土地承包经营权流转市场。

土地承包经营权流转本质上是一种市场行为，流转的主体是农户而不是干部，流转的机制是市场而不是政府。在土地承包经营权流转中，政府的主要职能是提供公共服务和进行市场监管，工作重点应在两个方面：一是加强土地承包经营权流转的管理和服务。建立健全土地承包经营权流转市场，组建土地承包经营权流转管理服务组织，加强土地流转信息发布，建立流转档案，完善流转的中介服务机制、价格形成机制和纠纷调处机制，从而促进和规范土地承包经营权流转，以形成新的农业生产力。二是改善土地承包经营权流转的外部环境。从推动农村劳动力转移、建立农村养老保险制度、给予优惠政策等方面，鼓励农户转出土地承包经营权；从金融服务、技术推广、用地、用电、用水等政策和农业综合开发、产业化经营、基础设施建设等项目安排方面，支持各类农业经营主体转入土地承包经营权。

第四，推进征地制度改革，完善征地补偿机制。

一是严格界定公益性和经营性建设用地，逐步缩小征地范围。我国有关法律明确规定，国家为公共利益的需要，可依法对土地实行征用。但与国外成熟做法不同的是，我国《宪法》和相关法律都未对公共利益作出明确的界定，应修改完善相关法律，界定公共利益的范围和判断标准，将国家的土地征用权严格限定在“公共利益”范围内。在现行法律中没有明确界定公益用地与非公益用地的情况下，在土地管理制度改革中，应强化规划的作用，强化土地的管理和用途管制。

二是建立合理的征地补偿和利益分享机制。从实践来看，有些经济发达地区的土地征用补偿标准已突破了《土地管理法》的产值倍数的规定，个别甚至开始以被征土地的市场价格或接近于市场价格进行安置补偿。广东省有些地市的土地征用补偿标准已完全脱离了产值倍数做法，代之以土地区位和经济发展状况确定补偿费，而且不考虑原土地用途。应总结经验，采用市场机制，将征地价格与市场价格挂钩，按被征收土地的市场价格对失地农民进行补偿，保证土地征收和使用过程中的增值收益在国家、集体和农民之间进行合理分配。

三是在征地过程中要维护被征地农民的知情权、参与权、监督权和申诉权，逐步建立完善征地补偿争议的协调裁决机制，为被征地农民提供法律援助。针对实践中往往由土地管理部门和村委会进行谈判，决定征收及补偿等有关问题的做法，应完善协商机制，让农户选派代表直接参加谈判，以更好地维护自身利益。在司法程序中，应将司法审查引入土地征收争端解决机制。例如在解决土地征收补偿争议时，应增加司法审查，引进法院这个独立的第三者进行公开审理，避免政府在此类问题上既当运动员又当裁判员的现象发生。