农民建房占用宅基地超过当地规定的面积标准的，各地都存在，而且情况比较普遍、成因复杂。如何对宅基地超占面积进行确权登记发证，在具体实践中是一个全国共同的难题。

国家出台了一系列文件对此作出了规定。如1995年3月11日国家土地管理局印发的《确定土地所有权和使用权的若干规定》、2008年《国土资源部关于进一步加快宅基地使用权登记发证工作的通知》、2011年《国土资源部、中央农村工作领导小组办公室、财政部、农业部关于农村集体土地确权登记发证的若干意见》等。

按照以上文件精神，地方可以根据宅基地的取得时间不同，按照3个不同的时间段，对宅基地超面积问题进行分类处理：

1982年《村镇建房用地管理条例》实施前，农村村民建房占用的宅基地，在《村镇建房用地管理条例》实施后至今未扩大用地面积的，可以按现有实际使用面积进行确权登记。

1982年《村镇建房用地管理条例》实施起至1987年《土地管理法》实施时止，农村村民建房占用的宅基地，超过当地规定的面积标准的，超过部分按当时国家和地方有关规定处理后，可以按实际使用面积进行确权登记。

1987年《土地管理法》实施后，农村村民建房占用的宅基地，超过当地规定的面积标准的，按照实际批准面积进行确权登记。其面积超过各地规定标准的，可在土地登记簿和土地权利证书记事栏内注明超过标准的面积，待以后分户建房或现有房屋拆迁、改建、翻建、政府依法实施规划重新建设时，按有关规定做出处理，并按照各地规定的面积标准重新进行确权登记。

其实，简要点说就是：大家请放心，不管宅基地有没有超占面积，在确权登记过程中不动产登记部门最终还是会给你颁证。只是在第二和第三种情况下，充分考虑历史遗留问题的实际情况，有比较灵活的处理方式，要么当时就处理，要么就等到以后对宅基地上的房屋进行拆迁、改翻建或重建时再按规定的标准面积重新确权登记颁证一次。