农民土地流转后的土地补偿问题，首先要清楚的是土地的权属问题，在土地流转成立合作社的过程中，土地所有权和土地承包权不改变，仅仅改变（入股合作社有可能不改变）经营权，在这样的情况下，土地农业补偿还是属于拥有土地，即农村土地承包权的人，地上青苗及地上附属物则要看则根据协议分配。

　　入股是指承包方之间为了发展农业经济，将手中的土地承包经营权入股，成立股份合作社，从事农业合作生产。　根据《农村土地承包法》第四十二条规定“承包方之间为发展农业经济，可以自愿联合将土地承包经营权入股，从事农业合作生产。”然而并未就承包方与发包方的关系是否改变作出规定。

　　但事实上的承包权人仍然是入股前的承包人，所以，实践中通常认为承包方与发包方的承包关系不改变，对此入股的土地进行征收时，入股前对土地享有承包经营权的承包人享有土地补偿款。但是，对于入股后，在土地上进行合作生产的地上青苗及地上附属物应该如何分配，需要了解入股前承包方之前的协议等情况才能做出合理的定论。