在计算缴纳土地增值税时，与转让有关的税金允许扣除，该税金是指在转让房地产时缴纳的营业税、城市维护建设税、教育费附加、印花税。
财税字【1995】48号文件第十条规定：转让环节缴纳的税金对于个人购入房地产再转让的，在其购入时已缴纳的契税，在旧房及建筑物的评估价中已包括了此因素，在计征土地增值税时，不另作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除。
财税【2006】21号文件第二条规定：纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，《条例》第六条第（一）、（三）项规定的扣除项目的金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。对纳税人购房时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除，但不作为加计5%的基数。
综上，该契税是否能扣除，主要看缴纳契税时被归属什么项目及是否取得合法有效凭证。
