1、土地增值税的计算过程和企业所得税的计算过程是不同的,所以企业最终经营亏损并不代表企业转让不动产或土地使用权不增值。 
2、土地增值税计算过程： 
（1）计算增值额   增值额＝收入额－扣除项目金额  
（2）计算增值率   增值率＝增值额÷扣除项目金额  
（3）依据增值率确定适用税率。  
（4）依据适用税率计算应纳税额。   
    应纳税额＝增值额×适用税率—扣除项目金额×速算扣除系数 
（5）扣除项目金额=取得土地使用权所支付的金额+房地产开发成本+房地产开发费用+财政部规定的其他扣除项目（一般指开发公司可以按取得土地使用权所支付的金额和房地产开发成本的和加计20%扣除）。  

3、企业所得税计算公式 
（1）年应纳税所得额＝全年收入总额－准予扣除项目金额（收入有关的成本、费用、税金和损失等）=利润总额±税收调整项目金额 
 
（2）应纳税额=年应纳税所得额*税率 

 
4、从两者的公式可以看出两者的计算内容不尽相同，收入确认和准予扣除的内容也不同，从而会出现企业当年经营亏损，但能算出土地增值税的情形。当然也会出现企业盈利，但算不出土地增值税的情形，如增值额未超过扣除项目20%的，予以免税。 
 
5、土地增值税是按项目计算的，如果住宅和商铺是同一块开发用地同一项目批复批准建设的，则不分开计算。如果是同一开发商开发的不同地块，或者是同一开发商不同批次立项批复分别开发的，自然要分开计算。即如果一个小区既有住楼宅又有商铺，或者楼上是住宅楼下是门市，这些都是合并计算增值税的，不用分开。