一、计算缴纳土地增值税，除了普通住宅还是非普通住宅，应当还有一类非住宅，或者商用房等。具体的规定一般各省都会有。如《福建省地方税务局关于进一步加强我省房地产开发企业土地增值税管理的通知》（闽地税发〔2008〕64号）

关于土地增值税清算

(一)加强清算管理。各地要严格按《福建省房地产开发企业土地增值税征收管理办法(试行)》规定，对清算项目按普通住宅、非普通住宅和非住宅分别计征土地增值税。

又如

自治区地方税务局转发国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知桂地税发〔2007〕88号

四、对在我区的房地产开发企业符合《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发〔2006〕187号)第七条规定情形之一的，按不低于1%-3%的预征率核定征收土地增值税，具体的征收率可由各市地方税务局根据本地房地产业增值水平和市场发展情况，区别普通住宅、非普通住宅和商用房等不同类型，科学合理地确定，并报自治区地税局备案。

我个人认为，有产权的车库应当作为非住宅单独计算增值额，税率是跟非普通住宅一样的。

二、有产权的车库不属于公共配套设施 

《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》(国税发〔2009〕31号）

(五)公共配套设施费:指开发项目内发生的、独立的、非营利性的，且产权属于全体业主的，或无偿赠与地方政府、政府公用事业单位的公共配套设施支出。